東莞自動拋光機操作的關鍵是要設法得到*大的拋光速率，以便盡快除去磨光時產生的損傷層。同時也要使拋光損傷層不會影響*終觀察到的組織，即不會造成假組織。前者要求使用較粗的磨料，以保證有較大的拋光速率來去除磨光的損傷層，但拋光損傷層也較深；后者要求使用*細的材料，使拋光損傷層較淺，但拋光速率低。解決這個矛盾的*好的辦法就是把拋光分為兩個階段進行。粗拋目的是去除磨光損傷層，這一階段應具有*大的拋光速率，粗拋形成的表層損傷是次要的考慮，不過也應當盡可能小；其次是精拋(或稱終拋)，其目的是去除粗拋產生的表層損傷，使拋光損傷減到*小。

東莞自動拋光機操作比較簡單，操作人員只需將要拋光的物件事先擺放在相應的夾具之上。將夾具固定在東莞自動拋光機工作臺上。啟動東莞自動拋光機，東莞自動拋光機在設定時間內完成拋光工作，自動停止，在從工作臺上卸下物件即可。自動拋光機拋光前，需要調整好拋光頭與工作臺面的距離。以達到*好的接觸效果，拋出*好的效果。拋光過程中可以使用手工打蠟，以降低機器制作成本。